上古时，如皋属扬州之域；商周时称海阳。周初名发阳，春秋属吴，吴亡归越，战国时属楚，秦时归九江郡，汉属海陵县。东晋义熙七年（411）已置如皋县，隋时并入扬州宁海县。唐大和五年（831）置如皋场。南唐保大十年（952）升为如皋县，隶属泰州。后历代沿袭县制，宋时为中下县，元时升为上等县。清雍正二年（1724）划归通州直隶州。民国时为一等县，与湖南邵阳同被列为全国最大县。1940年8月，新四军东进至如皋西乡，在卢港建立如皋县政府。同年10月，县政府随军继续东进至如皋东乡接管国民党如皋县政府。1941年3月，在如皋西乡成立如西县政府。至此，原如皋县以通扬运河为界划分为如西、如皋两个县，如西县隶属苏中第三行政区专员公署，如皋县隶属苏中第四行政区专员公署。1945年9月21日，新四军收复如皋城，如西县复名如皋县，原设于如皋东乡的如皋县更名为如东县。同年12月1日，苏皖边区第一行政专员公署于如皋城成立。1949年1月28日，如皋全境解放；5月12日，苏皖边区第一行政专员公署改称苏北泰州行政区专员公署，如皋属其管辖；5月29日，如皋被核定为一等县。1950年1月，如皋县划归苏北南通行政区专员公署；1952年，上升为特等县。1983年，如皋县由南通市管辖。1991年6月1日，如皋撤县设市。