市政府办公室设14个内设机构：
（一）秘书科
负责办理上级党委、政府及部门，外地，市各部门单位发送市政府和市政府办公室的文电；负责人民来信的受理工作；负责市政府、市政府办公室文件的缮印及分发；负责印鉴、档案、资料和介绍信管理工作；负责机关机要工作和密码通信保障；负责办公室承办的全市综合性会议及国家、省、南通市综合性电视电话会议的会务工作；负责或参与市政府、市政府办公室重要会议的准备工作；承担办公室有关综合文稿起草工作；负责市政府值班工作，指导全市政府系统值班值守，报送和处置突发事件、重要紧急情况；负责办公室干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训、绩效考核等工作；负责办公室党组落实全面从严治党主体责任的服务保障工作，承担办公室党组会议和专题活动的组织安排、相关文稿起草、议定事项督促落实；负责办公室党建、纪检、宣传、工青妇、老干部和文明创建、“阳光扶贫”等工作；负责办公室内部办公用房分配、公务用车调度、物资采购、财务管理、资产管理、公务（商务）接待等后勤保障工作。
（二）督办科
负责上级党委、政府和如皋市委、市政府重大决策部署，政府常务会议议定事项和市政府主要领导同志批示指示贯彻落实情况的督查督办工作；负责市政府年度重点工作（含为民办实事项目）的跟踪督查和绩效考评；负责市政府常务会议的会务和纪要起草工作；组织办理南通和如皋市人大常委会、政协交办的议案、提案及建议、批评、意见；负责市政府各部门单位和各镇（区、街道）符合办文规范的请示、报告的登记、处理，并及时反馈办理情况。
（三）综合调研科
根据市政府领导同志工作分工，负责办理市政府主要领导同志分管范围内的各项工作；负责市政府主要领导同志文电运转、重要活动的协调联络工作；负责起草《政府工作报告》、市政府全体会议和全市综合性会议市政府主要领导同志讲话稿、市政府向上级报送的综合性工作汇报；负责市政府年度重点工作（含为民办实事项目）的目标分解和方案制定；负责市政府党组落实全面从严治党主体责任的服务保障工作，承担市政府党组会议和专题活动的组织安排、相关文稿起草、议定事项督促落实；分析经济社会发展动态、形势和趋势，为市政府决策提供参考；组织协调全市政府系统的调查研究工作；协助组织或参与全市经济社会发展重大问题的调查研究，提出政策性建议和咨询意见；完成市政府主要领导同志和上级研究部门交办的研究课题。
（四）综合一科
根据市政府领导同志工作分工，负责发展改革、财政、税务、审计、统计、自然资源、人力资源和社会保障、应急管理、国有资产管理、政务服务管理、行政审批、公共治理、公共资源交易、政务公开、粮食和物资储备、机关事务管理、对接服务上海、金融、保险、政府债务风险化解、处置和打击非法集资、对口支援等方面的文稿起草、文电会务和督查调研工作。
（五）综合二科
根据市政府领导同志工作分工，负责办理农业农村、民政、退役军人事务、水利、供销、扶贫、河长制、“菜篮子”工程、教育、文化、体育、广电、旅游、卫生健康、医疗保障、地方志等方面的文稿起草、文电会务和督查调研工作。
（六）综合三科
根据市政府领导同志工作分工，负责办理生态环境、住房和城乡建设、交通运输、建筑业、城市创建、人防、防震、政府投资项目集中建设、司法、城管、信访等方面的文稿起草、文电会务和督查调研工作。
（七）综合四科
根据市政府领导同志工作分工，负责办理工业经济、民营经济、项目建设、园区建设、科技人才、市场监督管理、知识产权、对外开放、招商引资、服务业、商务、口岸、商贸流通等方面的文稿起草、文电会务和督查调研工作。
（八）新闻与信息科
承担全市政务新媒体发展的指导、协调、监督工作，拟定相关政策文件；指导全市政府系统新闻发布工作，负责市政府新闻发布活动的组织实施；联络有关新闻媒体；负责政府系统信息工作的组织、指导和协调；负责收集、处理、上报政务信息，完成上级布置的信息任务。
（九）政务公开科
承担全市政务公开工作的指导、协调、监督工作，拟定相关政策文件；负责市政府及办公室公开信息的维护和更新；组织市政府重要政策解读和问答；负责编制市政府信息公开指南、公开制度、公开目录和年度报告；负责对如皋政务公开平台及其微信公众号的管理和维护；具体承办政府信息依申请公开。
（十）政策法规科
负责审核以市政府、市政府办公室名义报送发布的公文和市政府签署的各类法律文书；负责市政府、市政府办公室文件的公开发布、解释、整理汇编和清理规范工作；组织有关部门开展市政府文件实施后评估工作；负责办理市政府领导交办的其他涉法事项。
（十一）机关事务科（公共节能科）
负责机关事务管理工作相关制度、规定及办法的调研、拟定工作，参与指导全市党政机关事务管理工作；负责机关后勤服务中心配套服务项目的招标签约、履约考核等监督管理；承担全市公共机构节能推进、指导、协调、监督的具体工作；负责拟定市公共机构节能规划、年度计划并组织实施；负责组织市公共机构节能考核评价、监督检查工作。
（十二）资产管理科
负责对市级机关国有资产实行统一管理；负责拟定市级机关国有资产统一管理的有关制度和管理规定并监督执行；负责市级机关国有资产产权界定、清查、登记工作；负责市级机关房地产产权申报及产籍管理工作；负责拟定全市党政机关事业单位办公用房管理规定、办法并组织实施；负责市办公用房清理工作领导小组办公室的日常工作。
（十三）公车管理科
承担市公车办的日常工作；负责拟定全市公务用车管理有关制度和管理规定；负责对全市保留的公务用车、执法执勤车辆等进行统一调配使用，核定车辆报废、更新及运行监管；负责对各部门公务用车制度执行情况进行督查考核；负责车改单位的车贴审核；做好公车服务中心配套服务单位的监督管理。
（十四）外事科
负责本市因公出国出境工作的归口管理、协调服务和监督工作；负责办理本市因公出国（境）任务审核、报批和护照（通行证）、签证等手续，审核应邀来访外国人的材料及报批工作；负责开展友好城市结对工作，指导本市民间对外交往工作，审核报批授予外国人荣誉称号、名誉职务和给予重要奖励等事项；负责组织接待来本市访问的国宾、党宾和其他重要外宾；参与接待和管理来本市进行采访的外国记者；指导全市各部门、各单位的涉外礼宾接待工作；负责全市因公出访团组的安全教育工作；负责处理或协助处理本市重大的涉外事务；做好无线电日常管理工作。
另按有关规定设立机关党组织。